José Manuel Estrada, junto a otros pensadores y políticos defensores del pensamiento católico, como Pedro Goyena y Emilio Lamarca, se destacó en la historia argentina por su firme oposición al laicismo que caracterizó a la llamada Generación del 80 que gobernó el país entre la segunda mitad del siglo XIX y las primeras décadas del siglo XX. Alcanzó a desempeñarse como diputado provincial.
El Presidente Sarmiento lo designó Secretario de Relaciones Exteriores y Jefe del Departamento General de Escuelas. Fue elegido diputado por Buenos Aires (1873-1876). Fundó el periódico El Argentino. Entre 1876 y 1888 se desempeñó como Rector del prestigioso Colegio Nacional Buenos Aires.
Fue especialmente importante su actuación en el Congreso Pedagógico de 1882 donde sostuvo que la escuela pública común debía ser católica manteniendo un duro debate con Leandro Alem.
Consecuentemente se opuso luego a la Ley 1420 de 1884 de enseñanza pública, gratuita y obligatoria, que estableció la escuela pública laica. También se opuso y representó la opinión del pensamiento católico, contra la Ley de matrimonio civil sancionada en 1888.
En 1885 fue designado presidente de la recientemente fundada Unión Católica. En 1888 volvió a ser elegido diputado nacional.
Enseñó Derecho Constitucional y Administrativo en la Universidad de Buenos Aires y se destacó como periodista, en la Revista la Unión, que dirigió junto a Pedro Goyena y Tristán Achával Rodríguez, donde defendió y argumentó sus posiciones contrarias a las reformas liberales de los gobiernos de esa época, cuyo principal representante fue Julio A. Roca y Miguel Ángel Juárez Celman, su sucesor y continuador.
Llevado por su posición contraria al liberalismo laico, se incorporó al heterogéneo arco opositor que integró la Unión Cívica.
Pese a toda su oposición y lucha no pudo evitar que se promulgaran las leyes de educación laica, el matrimonio civil y el registro civil pase a manos del estado. Todos estos campos eran controlados por la iglesia y se oponían al espíritu del artículos 14 y 20, de la Constitución Nacional Argentina, el primero abocado a la libertad de culto y el otro a la libertad de culto de los inmigrantes. La reforma lograda por la generación del 80 logró cumplir con este propósito.
Sin embargo, en el año de mil ochocientos ochenta y cuatro, fue destituido de sus cargos por su pensamiento un poco contrario a la ley, situación que reforzó las ideas del maestro.
Dedicó su vida como profesor por muchos años, primero de educación secundaria, y luego en la universidad, y defendió la libertad de la cátedra por medio de sus ideas.
En 1891 aceptó el cargo de Ministro plenipotenciario en Paraguay, donde falleció en 1894.
Así, en este sentido, recibió el apoyo de sus estudiantes que acudieron a su casa para brindarle un gran homenaje de despedida, y fue allí que se encontraron con estas palabras que hoy en día guían la pedagogía de nuestro país. “De las astillas de las cátedras destrozadas por el despotismo, haremos tribunas para enseñar la justicia y predicar la libertad”
